1、可以提高肥效如过磷酸钙、微量元素等肥料，施入土壤后被土壤固定而失效。和有机肥混合用，由于减少了与土壤的接触面，减少了养分的固定，有机肥又可提高磷矿石的溶解度，在水田条件下更好。许多化肥与有机肥混合后，化肥可以被有机肥料吸收保蓄，减少流失。此外，化肥掺有机肥料还可以促进有机肥腐熟，提高肥效。试验表明，化肥与有机肥搭配使用，既可以降低土壤氧化还原电位，减少氨的硝化，也可以减少氮素的挥发损失。一般可使氮肥利用率提高10%～15%。
2、可以减少化肥可能产生的某些不利的副作用在单独施用较大量化肥或化肥施用不均时，土壤溶液浓度高，影响作物吸水，甚至伤根，如与有机肥料混合就不会发生这一问题。另外，如长期单独施用生理酸性肥料，会使土壤变酸，而产生过多的活性铁、活性铝等有害物质，对作物造成毒害。而同有机肥料混合施用，可以增加土壤的缓冲性能，防止土壤酸化。再如，有的过磷酸钙含游离酸过多，做种肥时会影响种子发芽和幼苗生长，加入有机肥料后，中和游离酸，可减少对种子的为害。
3、可以增加作物营养有机肥所含养分较全，肥效稳而长，含有机质多，能提高土壤有机质含量，改善土壤理化性质。不但可以供给作物，而且可以供给土壤微生物以氮、磷、钾等养分，以及维生素和生长激素等。有机肥施入后，土壤酶活性增强，有利于养分转化。如有机肥与过磷酸钙或过磷酸镁肥等混合，可以促进土壤中自生固氮菌的生长，增加作物氮素营养。据试验，化肥与有机肥搭配使用3年的地块比单施化肥的地块有机质含量高0.08%～0.11%，氨化细菌增加260%，好气性固氮菌增加119%，纤维分解菌增加600%。
4、在秸秆还田和施用未腐熟有机肥时，加入化学氮肥，可以避免作物因早期缺氮而影响生长而供应的速度要缓慢，而且禾谷类作物成熟阶段需要同时提供硝态氮和铵态氮，有机肥料能够做到这一点。